TABLE OF CONTENTS

Cover page                                                                                                                                 i

Title page                                                                                                                                    ii

Certificate Page                                                                                                                         iii                                                                                                                      

Dedication                                                                                                                                 iv

Acknowledgement                                                                                                                     v

Contents                                                                                                                               vi

List of Tables                                                                                                                           vii

Abstract                                                                                                                                   viii

CHAPTER ONE

1.0    INTRODUCTION                                                                                                        1

1.1    Justification of study                                                                                                 3

1.2    Specific objectives                                                                                                         3

1.3    General limitations in studying bacterial diversity                                                        4

CHAPTER TWO

2.0 LITERATURE REVIEW                                                                                          5

2.1 Introduction                                                                                                                5

2.1.1 Biogeochemical processes                                                                                          8                                                                                                                                                    

2.1.2   What we don’t know                                                                                                  10

2.1.3   Increasing cultivation efficiency                                                                                 11

2.2      Spatial heterogeneity                                                                                                   11

2.3      Inability to culture soil bacteria                                                                                   13

2.4      Limitations of molecular-based methods                                                                    14

2.5     Taxonomic ambiguity of microbes                                                                               15

2.5.1   Methods of studying bacterial diversity in soil                                                           17

2.6      Biochemical-based techniques to study bacterial diversity                                         18 

2.7      Future perspective                                                                                                        19 

CHAPTER THREE

3.0      MATERIALS AND METHODS                                                                                23             

3.1 Sample collection                                                                                                         24  

3.1.1    Determination of soil temperature                                                                               24                      

3.1.2   Determination of soil pH                                                                                              24

3.1.3   Sampling depth                                                                                                             25

3.2      Processing of sample and media preparation                                                                25

3.3      Isolation of bacteria from three different soil sample                                                   28

3.4      Determination of groups of isolates based on differential techniques                          29

3.5      Determination of groups of isolates based on structural staining                                 29

3.6      Biochemical tests                                                                                                          30

3.6.1   Indole test                                                                                                                     30

3.6.2   Catalase test                                                                                                                  30

3.6.3   Citrate utilization test                                                                                                   30

3.6.4   Coagulase test                                                                                                               30

3.6.5   Motility test                                                                                                                   31

3.6.6   Urease test                                                                                                                     31

3.6.7   Oxidase test                                                                                                                   31      

CHAPTER FOUR

4.0      RESULTS                                                                                                                    32  

CHAPTER FIVE

5.1      Discussion                                                                                                                     34

5.2      Conclusion                                                                                                                                                                                                                                                         

 References

LIST OF TABLES

Table                                                               Title                                                             Page

4.1                                                           Bacterial isolates                                                  32

4.2                                                           Colony count                                                        32

4.3                                                           Morphology and Biochemical test                       33